A difesa del porto naturale di Ortigia nel 1038 il comandante bizantino Giorgio Maniace fece costruire un forte, trasformato poi in castello da Federico II tra il 1232 e il 1240. Per quasi tutto il XV secolo esso era una prigione. Alla fine del XVI secolo, il Castello diventò un punto nodale della cinta muraria di Ortigia. L’edificio era raggiungibile solo attraverso un ponte levatoio, che lo isolava dalla terraferma rendendola praticamente inattaccabile. Nel 1704 una grave esplosione avvenuta nella polveriera sconvolse l'edificio.

Negli anni successivi si predispose la ricostruzione, che lasciò intatte le parti rovinate dall'esplosione, mentre si crearono tamponature per la realizzazione di magazzini. In età napoleonica il Castello risorse con funzioni militari e venne munito di bocche da cannone. Nel 1838, durante il periodo dei moti rivoluzionari che stavano scatenadosi in tutto il regno, i borbonici di Ferdinando vi innalzarono una fortificazione. Dopo l'unificazione d'Italia esso rimase una struttura militare.

In realtà, sulla sua funzione di fortezza militare vi sono dei dubbi scaturiti sia dalla sua posizione (esso è situato nella punta della città e non, ad esempio, verso il territorio), sia dalla sua struttura (non vi è il baglio, adeguato spazio interno per le manovre delle macchine da guerra; inoltre, le torri stesse, ingombrate all’interno dalle scale, non potevano servire a scopi difensivi).

Ad oggi, dopo un lungo restauro ed un’opera di smilitarizzazione, il monumento è tornato alla pubblica fruizione. Negli ultimi anni infatti, oltre all’apertura al pubblico, è stato sede di spettacoli dell’Ortigia Festival.