Scoperto intorno al 1860 all'interno di una cinquecentesca caserma spagnola, venne riportato interamente alla luce grazie agli scavi effettuati da Paolo Orsi negli anni tra il 1938 e il 1942. Le precedenti costruzioni, infatti, non tennero conto della presenza di un monumento storico, il quale fu danneggiato gravemente proprio a causa della sovrapposizione architettonica.

Il tempio misura 58 x 24 metri, con una disposizione di 6 x 17 colonne. Esso è databile all'inizio del VI sec. a.C. ed è quindi il tempio dorico più antico della Sicilia. La cella era divisa in tre navate con due colonnati interni. Caso particolare è la presenza in uno dei gradini del lato E di un'iscrizione dedicata ad Apollo e firmata dal costruttore: in genere assente nei templi greci.
Il tempio subì diverse trasformazioni, fu chiesa bizantina, di cui si conserva la scalinata frontale, ma soprattutto per la presenza di una porta mediana. Poi divenne moschea araba, ad un livello superiore si insediò la chiesa normanna del Salvatore che venne poi inglobata nella futura caserma spagnola.